Γεννήθηκε στην Πολιανή Μεσσηνίας το 1788 από τους Δημήτριο Δικαίο ή Φλέσσα και την Κωνσταντίνα Δικαίου (δεύτερη σύζυγο του Δημητρίου Δικαίου), το γένος Ανδρονά. Διδάχτηκε τα πρώτα του γράμματα πλάι σε μοναχούς της επαρχίας και αργότερα κατόπιν παρακίνησης του θείου του Παναγιώτη μετέβη στην Δημητσάνα για να συνεχίσει την φοίτησή του στο ελληνικό σχολείο της περιοχής. Μετά το πέρας των εγκύκλιων σπουδών του επέστρεψε στον τόπο καταγωγής του όπου και ασπάστηκε το μοναχικό σχήμα. Μόνασε αρχικά στην Μονή Ζωοδόχου Πηγής στην Βελανιδιά Μεσσηνίας (πλησίον της πόλης της Καλαμάτας) και αργότερα στην Μονή Ρεκίτσας Αρκαδίας. Στην μονή Ρεκίτσας παρέμεινε για λίγα χρόνια, εξαναγκαζόμενος λόγω κτηματικών διαφορών με τον Τούρκο τσιφλικά του Λεονταρίου Χουσεΐν Αγά Σερντάρη να αναχωρήσει προς την Βενετοκρατούμενη Ζάκυνθο. Μετά από περιδιάβαση σε διάφορες περιοχές, ο Παπαφλέσσας μετέβη τελικώς στην Κωνσταντινούπολη όπου έλαβε τον βαθμό του αρχιμανδρίτη. Στην Κωνσταντινούπολη διέμεναν και βιοπορίζονταν αρκετοί συμπατριώτες του Πελοποννήσιοι με τους οποίους ανέπτυξε φιλικούς δεσμούς. Ο κύκλος αυτών των επαφών, σύντομα τον οδήγησαν να μυηθεί στην Φιλική Εταιρεία από το ιδρυτικό της μέλος Παναγιώτη Αναγνωστόπουλο, ενώ εκεί γνωρίστηκε και με τον επίσης Φιλικό Παναγιώτη Σέκερη. Σε λίγο χρόνο από την μύησή του έγινε Απόστολος της Εταιρείας και μετέβη στις Παραδουνάβιες Ηγεμονίες για να διαδώσει τις επαναστατικές της αρχές. Επιστρέφοντας και πάλι στην Κωνσταντινούπολη ξανασυναντήθηκε με τον Αναγνωστόπουλο, από τον οποίον κατάφερε και απέσπασε πληροφορίες για την μυστική Αρχή της Εταιρείας, αφού προηγουμένως τον είχε απειλήσει ότι θα τον φόνευε. Ο Παπαφλέσσας ύστερα από ένα επεισόδιο με τον Τούρκο υπηρέτη του, άρχισε να κινεί τις υποψίες των τουρκικών αρχών ότι διέγειρε του ομογενείς του να ξεσηκωθούν κατά της οθωμανικής κυριαρχίας και κλήθηκε να δώσει εξηγήσεις. Αν και αφέθηκε τελικά ελεύθερος οι υποψίες εναντίον του τον οδήγησαν σε φυγή προς την Πελοπόννησο στα τέλη του 1820. Πριν επιστρέψει στην Πελοπόννησο μέσω Ύδρας, είχε συναντηθεί με μέλη της Φιλικής Εταιρείας στο Αϊβαλί για να εφοδιαστεί με πυρίτιδα και άλλο πολεμικό υλικό.
 
Με την επιστροφή του στην Πελοπόννησο επισκέφθηκε διάφορες επαρχίες και συναντήθηκε με πρόκριτους αυτό-συστηνόμενος ως απεσταλμένος του Πατριαρχείου και προσπαθώντας να τους πείσει ότι είχε φτάσει η ώρα του ξεσηκωμού, όχι πάντα χωρίς αντιδράσεις εκ μέρους τους. Ιδίως κατά την Συνέλευση της Βοστίτσας (Αίγιο), ο Παπαφλέσσας, αντιμετωπίστηκε με έντονη καχυποψία και ήρθε σε σύγκρουση με τους Παλαιών Πατρών Γερμανό και Ανδρέα Ζαΐμη. Μετά την κήρυξη της Επανάστασης στην Καλαμάτα στις 23 Μαρτίου 1821, ο Παπαφλέσσας μετατράπηκε καθ’ ολοκληρίαν σε πολεμιστή του Αγώνα αφήνοντας πίσω τα ιερατικά άμφια. Έλαβε μέρος στην Α΄ Εθνοσυνέλευση της Επιδαύρου (20 Δεκεμβρίου 1821 - 16 Ιανουαρίου 1822) ως μέλος της Πελοποννησιακής Γερουσίας, ενώ στην Β΄ Εθνοσυνέλευση του Άστρους (10 Απριλίου 1823 - 30 Απριλίου 1823) εξελέγη υπουργός Εσωτερικών, θέση την οποία κατείχε έως τον θάνατό του το 1825 κατά την διάρκεια των πολεμικών επιχειρήσεων εναντίον του Ιμπραήμ Πασά στο Μανιάκι Μεσσηνίας. Συχνά στις πηγές το πρόσωπο του Παπαφλέσσα αντιμετωπίστηκε ως αμφιλεγόμενη και με πολλές αντιφάσεις προσωπικότητα (βλ. ενδεικτικά απομνημονεύματα Κανέλλου Δεληγιάννη). 

ΠΗΓΕΣ

• Νικόλαος Βέης, «Ο Γρηγόριος Παπαφλέσας και η Φιλική Εταιρεία», Επιθεώρηση Τέχνης, τ/χ.3 (1955), σελ.183.
• Λήμμα «Παπαφλέσσας, Δικαίος Γρηγόριος», Μεγάλη Ελληνική Εγκυκλοπαίδεια, τομ. ΙΘ΄, Πυρσός 1932, σελ. 580-581.
• Φώτιος Χρυσανθόπουλος, Βίος του παπά Φλέσα. Συγγραφείς μεν υπό Φωτάκου εκδοθείς δε υπό Σ. Καλκάνδη, Εν Αθήναις: Τυπογρ. Νομιμότητας, Αθήνα 1868.